生活污水、畜禽饲养场污水以及制革、洗毛、屠宰业和医院等排出的废水，常含有各种病原体，如病毒、病菌、寄生虫。水体受到病原体的污染会传播疾病，如血吸虫病、霍乱、伤寒、痢疾、病毒性肝炎等。流行的瘟疫，有的就是水媒型传染病。如1848年和1854年英国两次霍乱流行，死亡万余人；1892年德国汉堡霍乱流行，死亡750余人，均是水污染引起的。污水处理受病原体污染后的水体，微生物激增，其中许多是致病菌、病虫卵和病毒，它们往往与其他细菌和大肠杆菌共存，所以通常规定用细菌总数和大肠杆菌指数及菌值数为病原体污染的直接指标。

由于水污染涉及到多方的利益问题，在治理上难免会受到多种因素的阻挠，这就需要政府部门出面来支持水污染治理工作的进行，水污染治理的首要措施就是要明确立法，长期以来，由于我国在水环境治理方面的法律制度不甚完善，有许多企业投机取巧，对水环境造成了严重的破坏，由此可见，只有明确的法律才能有制约的效力，才能引起相关部门及人员的重视。

随着中国成为全世界发展最快的大型经济体，各类工业排放的众多化学品也随之增加，一些有毒有害的有机污染物尤其令人担忧。这些有毒有害物质一旦排放到环境中，就会对人类健康和生态系统构成长期威胁。许多国家甚至全世界都禁止或限制这些有毒有害物质，但是在我国尚未全部列为禁止或严格限制物质，也未列入相关行业废水排放标准监测污染物名单中，且污水处理厂的处理工艺也还未针对这些物质进行相关设计。企业可以委托环境保护部门或第三方检测机构如SGS进行废水限用物质检测，获取各类限用物质的检测数据，了解生产过程中的各类用水特征，为消除有毒有害化学品排放、减少工业水污染危害而努力。