反渗透系统在正常运行一段时间后，反渗透膜会受到在给水中可能存在的悬浮物质或难溶物质的污染，这些污染物中最常见的为碳酸钙垢、硫酸钙垢、金属氧化物垢、硅沉积物及有机或生物沉积物。污染物的性质及污染速度与给水条件有关，污染是慢慢发展的，如果不早期采取措施，污染将会在相对短的时间内损坏膜元件的性能。
1、污染物的去除
    污染物的去除可通过RO反渗透膜化学清洗和物理冲洗来实现，有时亦可通过改变运行条件来实现，作为一般的原则，当下列情形之一发生时应进行RO反渗透膜化学清洗。
     1.1 在正常压力下如产品水流量降至正常值的 10 ～ 15% 。
     1.2 为了维持正常的产品水流量，经温度校正后的给水压力增加了 10 ～ 15% 。
     1.3 产品水质降低 10 ～ 15% 。盐透过率增加 10 ～ 15% 。
     1.4 使用压力增加 10 ～ 15%
     1.5  RO 各段间的压差增加明显 ( 也许没有仪表来监测这一迹象 ) 。
2、常见污染物及RO反渗透膜化学清洗方法：
    在阻垢剂添加系统出现故障时或加酸系统出现而导致给水 PH 升高，那么碳酸钙就有可能沉积出来，应尽早发现碳酸钙垢沉淀的发生，以防止生长的晶体对膜表面产生损伤，如早期发现碳酸钙垢，可以用降低给水PH值至3.0 ～ 5.0之间运行 1 ～ 2 小时的方法去除。
    注：应确保任何清洗液的 PH值不要低于 2.0 ，盃则可能会 RO 膜元件造成损害，特别是在温度较高时更应注意，最高的 PH 不应高于 11.0 。
 
3、RO反渗透膜化学清洗一般步骤：
3.1. 用泵将干净、无游离氯的反渗透产品水从清洗箱 ( 或相应水源 ) 打入压力容器中并排放几分钟。
3.2. 用干净的产品水在清洗箱中配制清洗液。
3.3. 将清洗液在压力容器中循环 1 小时或预先设定的时间，对于 8 英寸或 8.5 英寸压力容器时，流速为 35~40 加仑 / 分钟 (133~151 升 / 分钟 ) ，对于 6 英寸压力容器流速为 15~20 加仑 / 分钟 (57~76 升 / 分钟 ) ，对于 4 英寸压力容器流速为 9~10 加仑 / 分钟 (34~38 升 / 分钟 )
3.4. 清洗完成以后，排净清洗箱并进行冲洗，然后向清洗箱中充满干净的产品水以备下一步冲洗。
3.5. 用泵将干净、无游离氯的产品水从清洗箱 ( 或相应水源 ) 打入压力容器中并排放几分钟。
3.6. 在冲洗反渗透系统后，在产品水排放阀打开状态下运行反渗透系统，直到产品水清洁、无泡沫或无清洗剂 ( 通常需 15~30 分钟 ) 。