辅助加热系统采用电加热(也可用其他辅助热源)，当阴雨天无阳光时可启动辅助电加热系统。电加热是由太阳控制系统自动控制启动，功率为XKW，当主水箱水温低于水箱控制仪下限设定时1WDJ1断开。LWDJ2闭合，ICX通电辅助电加热器加热，当水温高于水箱温控仪上限设定，1WDJ1闭合，中间断电器IZJ断电，ICX释放，电加热停止加热。还可以采用燃气设备加热，卓益节能燃气热水机采用全自动智能恒温控制模式，达到预定温度后，水自动保温，当水温低于预设温度时，系统会自动启动循环加热程序给浴水补偿加温，再次达到预设温度后自动停止，让使用水始终保持同一温度。全自动化方便快捷，操作简便。
太阳能热泵热水系统相较于其他供热供暖供热水等系统具有明显的优势，相对于普通的电加热、煤气加热等热水器，它能在很大程度上节约能源，降低整体能耗和经济成本，也更加适应当今社会的能源发展。因此，研究该系统既能对可再生能源利用进行推广，节约社会资源，同时对新能源利用技术发展的促进和创新。

自动控制装置探测到太阳能水箱内的水温达不到设定值时，热泵开始工作并通过混合工质与水箱内的水进行热交换，最终保持水温稳定。热泵的工作原理是把环境介质中贮存的能量在蒸发器中加以吸收而蒸发，蒸发后的制冷剂被压缩机吸入并压缩成高温高压的气体，然后被排入设置在太阳能储热水箱底部的冷凝器中放热。制冷剂蒸气通过工质循环系统内，与水进行对流换热而得到冷凝，同时水得热而升温。

冷凝器的工质经膨胀阀或毛细管节流又重新流入蒸发器中，由此完成一次工作循环。阴天或夜间，热泵蒸发器通过吸收环境大气中的低品热源，保障热泵正常工作，从而可以全天候的产生热水。