进行了某种处理而改变了其微生物正常补充的食品特别容易受环境微生物侵蚀。例如，酸牛奶、乳酪和其他奶制品，果汁、加味牛奶和主菜。蘑菇的生长有时也在洁净室里进行以防止条件性病原孢子生长过度。
果汁
无菌产品已经占领了单包装（250毫升 ）果汁和饮料市场。这个市场正扩展到其它的产品生产线，包括牛奶饮料、酒、水以及西红柿产品和一公升大包装。
奶制品
瑞士的酸牛奶、无菌牛奶或奶酪的加工，以及瑞典的腊肠包装中经常用到无菌处理。
一些大型设施要求100,000级（ISO8和9级）以上。在美国，Jerome乳酪公司在爱达荷州杰罗姆建造了一个3,600万美元，面积140,000 平方英尺的乳酪和乳清产品厂。该厂有4个主要加热和通风系统可输送高达每分钟130,000立方英尺的过滤效率为95％的空气，每小时换气15到20次。车间采用正压，空气从加工区向外流。
酿酒厂
酿酒厂发现，为了保护其生啤酒，在填充操作中必须控制环境污染。采用洁净室进行封闭式填装作业，天花板上安装HEPA过滤器，地板带孔已经成为发展趋势。
南美哥伦比亚污染控制公司是一家为食品、医药和工业区建造清洁环境的专业公司。该公司在设计中为啤酒、果汁和汽水无菌填装工艺增加了ISO 5级（100级）和ISO 6级（1,000级）洁净室。
传统系统中隧道式巴氏消毒法对产品进行各种高温处理，得到的产品在物理特性上发生变化。相比之下，对受控巴氏消毒法的无菌充装采用较低热处理，可在几方面改进产品的质量。
在啤酒方面，可改进感官特性，例如香气味风格和新鲜度。还可提高多数产品的稳定性，延长储存期。而用于果汁，则避免了象管道巴式消毒法那样受到长时间高温处理，因而没有造成营养损失。结果，香味、口味及颜色等感官性能都得到改善。
肉类加工
美国联邦农业部一项研究表明，美国的即食肉制品差不多有5％都感染了单核细胞增多性李氏菌（Listeria monocytogenes），一种可以使人致命的食物传染病菌，可导致败血症、脑膜炎或脑膜脑炎（meningo-encephalitis）——一种影响大脑和脊髓组织的疾病。对于孕妇来说，李氏菌属可引起胚胎夭折和死产。 即食肉制品市场的扩大是增加对洁净室技术需求的一个因素。瑞典是这一领域的先行者。
面包房
面包房现在正逐渐接受洁净室技术。日本有许多这种例子。受神户市的Nada Ward合作机构委托，Chiyoda建筑公司设计了一座通用食品厂。这一工厂有3000m2的建筑面积，是神户市Rokko岛上一个8层高的建筑，它使用了清洁技术。这个工厂生产几种面包、糖果、大豆豆腐、面条和几种传统的日本食品。
糖果工业采用了生物洁净室技术。新的、越来越复杂的、包装新颖的糖果产品增加了对受控环境的需求（温度、湿度、细菌的水平，等等），以及生产过程的自动化，以便保证良好品质和耐久性。
江西佰地信环境工程有限公司设备
半导体工业和医药工业已经越来越多地使用隔离器以提供ISO 4级（10级）或者更好的局部环境。现在隔离器供应商，例如LaCalhene，在报告中提到，食品饮料工业也采用这项技术，有下列理由：
卫生学——隔离器提供无菌环境，保护产品使其免受来自环境和操作者的污染，免受病原微生物和变异微生物的侵害。
销售——使用隔离器意味着不用借助于传统的防腐工艺就可以生产出自然的、无防腐剂的产品，因此，质地和产品的味道都不会受影响。
节省成本——使用隔离器可降低超净装置的安装和运行成本，延长产品储存期。最普遍和频繁应用的是产品在无菌条件下配料、切片、填装和传送。 隔离器可以用在消毒生产线、试验装置和R&D实验室里。最直接受影响的领域是易腐的饮料、奶制品、冷肉和海鲜、半成品菜、面包房和糕饼，以及鲜品的包装。
食品饮料工业净化工程洁净车间成本随清洁要求而不同。几乎没有ISO 3级和4级（1和10级）装置。ISO 5级（100级）洁净室成本是ISO 6级（1,000级）洁净室的两倍。成本随清洁要求的降低（见表2）而大大减少。只有一小部分食品洁净室利用了ISO 5级（100级）空间。真正经常使用ISO 5级标准的是在诸如填装生产线那样的小区域。因此，根据区域而进行的空间划分对更高级影响很大。江西佰地信环境工程有限公司
