应把好工程结算审计准备关，制定切实可行的审计实施方案。审计准备是对一个工程结算审计项目实施审计前所做的各项准备工作。准备工作是否充分，对工程结算审计实施能否顺利进行和保证工程结算审计质量，都有着重要的影响。把好工程结算审计准备关，需要重点抓好审前调查、审计方案编制环节。审前调查可以选择查阅资料、走访等多种方式，既要了解施工单位的性质、体制、规模等基本情况，又要收集与工程项目有关的法律、法规、规章和政策、会议记录等资料，还要了解工程项目有关的竣工图纸、工程变更联系单、承发包合同(承包方式、结算办法及施工期限等)、承包方提交的工程竣工决算书等。审计方案编制，必须以审前调查为基础，进一步明确编制依据、工程结算审计的目标、范围、内容、重点及必要的步骤等，同时，制定的审计方案应具有较强的可操作性。
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建设单位不正常的举动，增加审计难度。审计的根本目的是帮助建设单位节省建设费用，降低基建成本，提高投资效益。但基建结算审计并不受所有建设单位的欢迎，因为有些建设单位的基建管理人员在工程项目实施过程中与施工单位逐渐产生经济瓜葛，因而这些人思想上有顾虑，认为基建审计核减额越大，说明自己工作中存在的问题越多，甚至出现施工单位都予以认可的核减，而建设单位反不认可的咄咄怪事。此外，建设单位打着“降低工程成本，节约建设资金”的旗号，肢解工程项目，将一个本应完整的单项工程肢解成若干子项发包给多个施工单位施工，除了要支付总承包单位服务费，增加工程成本外，有的还指定基建材料，指定材料供货商，甚至干脆代施工单位采购建筑材料等。所有这些建设单位不正常的举动，都增加了工程造价的审计难度。
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