应把好工程结算审计准备关，制定切实可行的审计实施方案。审计准备是对一个工程结算审计项目实施审计前所做的各项准备工作。准备工作是否充分，对工程结算审计实施能否顺利进行和保证工程结算审计质量，都有着重要的影响。把好工程结算审计准备关，需要重点抓好审前调查、审计方案编制环节。审前调查可以选择查阅资料、走访等多种方式，既要了解施工单位的性质、体制、规模等基本情况，又要收集与工程项目有关的法律、法规、规章和政策、会议记录等资料，还要了解工程项目有关的竣工图纸、工程变更联系单、承发包合同(承包方式、结算办法及施工期限等)、承包方提交的工程竣工决算书等。审计方案编制，必须以审前调查为基础，进一步明确编制依据、工程结算审计的目标、范围、内容、重点及必要的步骤等，同时，制定的审计方案应具有较强的可操作性。
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审查各项费用的计取。建筑安装工程取费标准，应按合同要求或项目建设期间与计价定额配套使用的建安工程费用定额及有关规定。在审查时，应审查各项费率、价格指数或换算系数是否正确，价差调整计算是否符合要求，并在核实费用计算程序时要注意以下几点：①各项费用计取基数，如安装工程间接费等是以人工费为基数，这个人工费是定额人工费与人工合调整部分之和。②取费标准的确定与地区分类工程类别是否相符。③取费定额是否与采用的预算定额相配套。④按规定有些签证应放在独立费用中，是否放在定额直接出中取的费计算。⑤有无不该计取的费用。⑥结算中是否按照国家和地方有关调整结算文件规定计取费用。⑦费用计列是否有漏项。⑧材料正负差调整是否全面、准确。⑨施工企业资质等级取费项目有无挂靠高套现象。⑩有无随意调整人工费单价。
更手续外，还要注意工程量的计算，对计算有误的工程量进行调整，对不符合变更手续要求的不能列入结算。
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