要把好工程结算审计实施关，善于严格收集和清晰完整记录审计证据。工程结算审计实施既是审计取证过程，又是审计工作底稿形成的过程，也是工程结算审计质量控制的关键过程。其控制措施是否有效，对于工程结算审计质量有着非常重要的作用。把好工程结算审计实施关，需要抓好审计取证和编制工作底稿两个环节。工程结算审计取证工作应做到善于严格收集有关证据，具体包括：一是要重视所收集的证据必须具备客观性、相关性、充分性和合法性;二是在核实工程数量、鉴别定额项目选择是否准确、检查价格取定是否合规真实、认定取费基数和费率是否恰当等具体业务工作中，要规范运用检查法、观察法、计算法等方法收集审计证据;三是要注意收集包括书面证据、实物证据、电子数据资料等多种形式的审计证据。编制工程结算审计工作底稿，应当清晰完整地记录对审计结论有重要影响的审计事项，即既要遵循真实性、完整性原则，又要保证与审计证据的对应关系，还要明确反映工程结算审计项目相关的项目名称、审计事项、审计结论、索引号、附件等信息。
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加强协调、 分散风险是防范风险的又一途径。如对在审计过程中碰到的一些辣手问题可会同建设主管单位和部门、 施工单位进行三方会审， 并作出会审纪要，
由三方代表签字认可， 内审人员按会议纪要执行。如久拖未结、 基础加深而隐蔽资料不全或相矛盾时可采用此方法， 这样可以在出现纠纷时转嫁或分散部分风险，
减轻内审部门的压力。
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