由于聚醚TPU内的醚基与聚酯TPU内的酯基的极性不同，以及分子结构存在差异，而导致醚基一般在酯基树脂中的兼容性差，所以将两者混合起来就会出现分层现象，另外还与醚键的分子间作用力有较密切的关系，此外，聚酯的结晶性一般比聚醚的结晶性强很多，故其兼容性亦较差。
但并不是所有的醚类都这样，因为PTMG（聚四氢呋喃）的结晶性和聚酯的结晶性差不多，因此用PTMG合成的聚醚TPU与聚酯TPU的兼容性就稍好一些，在合成过程中是可以进行合成的，只不过其加工后的各项物理性能还是会大大下降，得不偿失，故亦没有必要进行该项共混。
由此可见，聚酯TPU与聚醚TPU是不能混合在一起进行加工的，这是由于二者的分子结构差异、分子内聚能差异、分子间作用力差异、结晶性差异及其二者分子的不兼容性所决定的,当将其二者进行共混加工时,在试件表面将会出现明显的纹路，会有混浊现象产生。即便是可以勉强混合在一起进行加工，加工后的成品各种物理性能也还是会大大下降，尤其是不能用于加工特别透明的配件，在大批量的生产中亦会有很大难度，在生产过程中亦要尤其注意切勿将二者误混。
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