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偶有过敏反应如哮喘、荨麻疹、结膜炎和发热等。长期用药可致脱发和短暂的可逆性秃头症、骨质疏松和自发性骨折。尚见短暂的血小板减少症。

对肝素钠过敏、有出血倾向及凝血机制障碍者，患血小板减少症、血友病、消化性溃疡、严重高血压、颅内出血、细菌性心内膜炎、活动性结核、先兆流产或产后、内脏肿瘤、外伤及手术后均禁用肝素钠。妊娠妇女仅在有明确适应证时，方可用肝素钠。

肌注或皮下注射刺激性较大，应选用细针头做深部肌肉或皮下脂肪组织内注射。